Depresja endogenna jest związana często z zaburzeniami funkcji układów przenoszących sygnały w mózgu poprzez nerwy wykorzystujące jako nośnik sygnałów czyli neuroprzekaźnik aminy katecholowe noradrenalinę i dopaminę oraz serotoninę. Mówimy więc, że depresja wiąże się z zaburzeniem działania układów katecholaminowych i serotoninowego. Wprowadzenie leków antydepresyjnych było kamieniem milowym w rozwoju współczesnej psychiatrii i umożliwiło wielu osobom dotkniętym tym straszliwym (bo najczęściej kończącym się samobójstwem) schorzeniem prowadzenie normalnego trybu życia. O naturze depresji niewiele, mimo intensywnych badań, wiadomo, ale o ile dawniej wszyscy uważali ją za zaburzenia afektu czyli uczucia (obecnie oficjalnie depresję nazywa się chorobą afektywną), pewne dane zaczynają sugerować, że jest to raczej zaburzenie poznawcze. Zwolennicy tej hipotezy opierają się na tym, że zmiany biochemiczne zaobserwowane w mózgu samobójców cierpiących na depresję dotyczą pewnego obszaru kory mózgowej, kory przedczołowej, odpowiedzialnej za funkcje poznawcze. W tym ujęciu depresja nie byłaby wyrazem niewłaściwych odpowiedzi emocjonalnych, ale właściwymi odpowiedziami emocjonalnymi na niewłaściwie postrzegany obraz świata.
